Struktura mašine za destilaciju uglavnom uključuje sljedeće ključne dijelove:
Molekularni isparivač: Ovo je jezgrani dio molekularnog destilacijskog uređaja, koji je zagrijavanje materijala i isparava . kroz tekućinu, tekućim filmom, tekućim filmom je burbulentno . molekule isparivanja izravno su kondenzirane u tekućinu na tekućinu Kondenzator, a teški molekuli prikupljaju se kroz kružni kanal ispod površine grijanja .
Sustav za degassing: Koristi se za uklanjanje plina iz materijala kako bi se osigurao nesmetani napredak postupka destilacije .
Sustav za hranjenje: Odgovoran za dodavanje materijala na distilacijsku opremu .
Sustav grijanja: pruža potrebnu toplinu da materijal postigne temperaturu isparavanja .
Rashladni vakuumski sustav: Osigurati rad pod visokim vakuum okruženjem, tako da je srednja slobodna staza molekula pare veća od udaljenosti između površine isparavanja i kondenzacijskog površine, čime se učinkovito odvajaju tečna smjesa .
Kontrolni sistem: Koristi se za nadgledanje i kontrolu cjelokupnog postupka destilacije kako bi se osiguralo da svi dijelovi rade zajedno .
Kondenzator: kondenzira molekule isparive svjetlosti u tečnost, sakuplja i ispuštaju .
Ispusni cijev: Koristi se za pražnjenje lakih molekula i teških molekula i skupljaju proizvode zasebno .

